目前我国农村污水处理面临多种难题，包括污水处理路线不明、粪尿污水对污水处理设施造成较大负荷、运行成本较高且对人员值守操作存在要求等。对此，农村污水处理路线应区别于城市污水集中处理的路线。
我国农村污水处理不能照搬城市污水集中处理的老套路，要实现低碳、循环、增产、生态相融合。以分散式处理为基础，进行源分离，采用经济适用技术降低运行费用。
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处理理念要以分散式为主
把厕所改造、源分离、污水输运、分类再生与质量达标和总量控制共同连接，形成治污大系统。
农村污水治理应该更新转变理念，创新建设模式。这体现在4个“坚持”中，即坚持因地制宜，因村而异，分散收集，就近处理;坚持质量达标，总量控制，系统规划，持续见效;坚持清洁生产，变废为宝，低碳运行，效益优先;坚持政府主导，部门合作，市场机制，创新模式。
这4个“坚持”是对城市污水集中处理的理念的改变。农村污水处理应该以分散处理、分散利用为基础。这就要求把厕所改造、源分离、污水输运、分类再生与质量达标和总量控制共同连接，形成一个治污大系统。
同时，这些理念明确了低碳、循环路线，要依靠发展清洁生产、废物利用等技术生产出再生产品，让治污有收益。此外，农村污水处理应强调政府主导，抓好治污需求和再生产品应用一头一尾两个关键，依托市场机制实现建设运营一体化并推广按效付费机制，做到处理先达标后付费。
要实现上述理念，关键是做好全面规划。这需要跨部门、跨学科的合作。一个村庄的污水不需要输运至另一个村庄，甚至村庄内可以规划几个污水处理设施;农村污水处理标准可以要求达到回用标准，也可以进入农田成为灌溉水。这就需要增设消毒设备或污水农灌专用设备。
此外，农村的污染物源头治理可以将黄水(厕所冲小便的水)直接灭菌进入农田，也可与黑水(冲粪便的水)一起进入资源化、能源化领域，做叶面肥、有机土壤调理剂、生物有机肥。要做到这些就需要通过规划把先进技术落到实处，见诸效益，让农民满意。
农村污水处理还是一片空白，可以为城市污水处理厂和下水道的革命提供理念、技术和效益的借鉴。
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源分离成为第一步
可以将粪尿分别收集并进行资源化利用，同时降低污水处理设施运行中的电耗负荷，提升运行效率。
城市污水处理厂因为受纳了黑水和黄水，脱氮除磷提标难度大，大量消耗能源并浪费了农业需要的氮磷等营养物，至今因抽水马桶、管网系统的改造困难，难以改变现状，因此农村绝对不能再走城市污水进入管网然后再集中处理的老路。如果在农村旱厕改造中，只求方便，将粪尿一冲了事，而不重视源头分离，就会大大增加农村污染物负荷。
以某村有100户人家，约400人计算，灰水(洗漱、洗菜等用过的水)每日产生量约为50立方米。假如厕所采用常规节水便器，按一般情况估算，厕所的黑水和黄水排水量约为每天5立方米。这些污水都是新增的高浓度污水，假如和灰水混合排放，进入污水处理设施，村里每日污水量则达到55立方米，更重要的是这种污水含氮污染物浓度超过300mg/L，磷污染物浓度超过80 mg/L，对于农村污水处理设施运行造成极大压力。
因此，针对农村污水处理应该将源分离作为重要手段，把黑水、黄水资源化利用作为农村污水处理设施源头减负第一要务，可以考虑使用真空源分离便器、粪尿分集式生态马桶、免水小便斗等洁具。这些洁具可以将粪尿分别收集并进行资源化利用，同时降低污水处理设施运行中的电耗负荷，提升运行效率。
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技术应满足三大需求
包括节省运行费用，水处理运行费用降到吨水0.3元以下应成为硬指标;此外还应满足无人值守，延长使用年限等要求。
寻找适用于农村污水处理的技术需要满足降低运行费用的需求。水处理运行费用必须降到0.3元/吨以下。这应该成为污水处理运行费用的硬指标。
据了解，南水北调中线水源地曾上马了一些污水处理费达到0.8元/吨的技术，即使国家补贴污水处理费用0.5元/吨，仍然难以维持运行。
如果要做到降低农村污水处理设施运行费用，主要有3种方法：一是降低能耗，二是做到无人值守，三是延长污水处理设施使用年限。这些都是实现低碳运行的要求。在源头减负之后，实现低碳运行就变得容易许多。
